Eine seltene Komplikation der Krankheit sind Muskelkrämpfe, Osteoporose, akute und offensichtliche Unterernährung mit Ausbuchtungen und Aszites in den Gliedmaßen. Die Krankheit kann das Nervensystem auf unbekannte Weise betreffen und zu Taubheitsgefühl in den Gliedmaßen mit zerebraler Ataxie aufgrund ihrer Verkalkung im Kleinhirn und den damit verbundenen Krankheiten führen, die Ärzte bei Patienten mit Weizenunverträglichkeit häufiger als bei anderen Menschen mit allergischen und Autoimmunerkrankungen festgestellt haben Dazu gehören die Hashimoto-Krankheit, die die Schilddrüse und den Typ-I-Diabetes sowie die Schugren-Krankheit und damit verbundene Krankheiten betrifft, sowie die entzündliche Darmerkrankung, die chronische Lebererkrankung, die Epilepsie und die primäre biliäre Zirrhose
Ein Mangel an Antibiotika tritt auch häufiger bei Menschen mit Weizenallergien auf, und langfristige Komplikationen der Osteoporose treten auch bei Patienten auf, die sich an glutenfreie Lebensmittel halten.