Parkinson betrifft die Nerven, die das Dopamin absondern. Es zerstört den Nerv, der von der eingeschlossenen Substanz im Mittelhirn auf die Basalganglien übertragen wird. In der Post-Mortem-Anatomie wird das eingeschlossene Material durch das Verschwinden von Melanin beeinflusst
Unter dem Mikroskop gehen im Bereich der Substanz viele Nerven verloren, und bei der mikroskopischen Untersuchung der verbleibenden Nerven befinden sich in diesen Neuronen verschiedene Objekte, sogenannte Lewy-Körper. Symptome der Parkinson-Krankheit treten normalerweise nach 60-80% auf. Wenn das Dopamin verloren geht, erhöhen die anderen Neurotransmitter insbesondere den cholinergen Träger, da Dopaminmangel und erhöhter cholinerger Transport zur Parkinson-Krankheit führen.